為了解小琉球生態情況，綠色和平今年8月在小琉球沿岸6個遊憩點進行海洋生態調查，發現小琉球沿岸魚類資源幾近枯竭，多數遊憩點每平方公尺內的魚連一隻都不到、體長偏小，同時珊瑚生態衰退不堪回首，顯示海洋資源瀕臨枯竭。
綠色和平於水下10米執行定量觀察與底質監測，調查範圍包括山豬溝、杉福、肚仔坪、花瓶岩、龍蝦洞、蛤板灣6個遊憩地點顯示，小琉球沿岸魚類密度極低，與台灣其他水域的珊瑚礁生態系相比，小琉球的魚類群聚密度明顯低下，且與過去歷史資料相比，多處的魚類單位面積個體數皆呈現下滑趨勢。
調查發現，多數樣點的珊瑚覆蓋度低於30％，且珊瑚／藻類比例小於0.5，屬「衰退」等級，其中花瓶岩的珊瑚覆蓋度及珊瑚／藻類比例皆最低，已淪為「失能」等級。
綠色和平海洋專案主任鍾孟勳表示，這次調查結果顯示，小琉球的海洋資源正瀕臨枯竭，若現況持續，小琉球珍貴的觀光資產恐將消失殆盡，好不容易打造的旅遊產業鏈只怕無以為繼，行政院應立即送出《海洋保育法》草案，挽救枯竭的海洋生態和已拉警報的觀光產業。
近幾年小琉球觀光人潮爆炸，屏縣府為維護離島生態環境，研擬在被列為保育示範區的杉福、漁埕尾、肚仔坪等3處潮間帶，向遊客收取觀光保育費60元，不料，原先地方反應熱烈、初估明年4月可實施的計畫，在月前研商會議中出現變化，在地民代、導覽人員意見不一致。
與會代表中，有人建議不要收保育費，也不要鵬管處、縣府、鄉公所在各景點各自收費，應整合直接收登島費；也有人稱，應該要把肚仔坪直接封閉禁止進入，以作種源庫或琉球潮間帶最後一塊淨土。
還有人說，建議先蓋好廁所、或待潮間帶生態良好時再收費；也有人覺得，收費60元太多，收10至20元即可；之前鄉公所管理時生態比較好，縣府開始管理後，生態資源有愈來愈差的狀況。縣府表示，目前正擬意見調查表，進一步蒐集各方意見，持續討論中。