澎湖花嶼位於馬公西南方，為澎湖群島最西側的島嶼，也是澎湖群島中最古老的島嶼。

本島面積為1.47平方公里，略呈一三角形，整體島嶼地形為東西高，中央低，中央鞍部區平均高度約30公尺，由中央向東西兩側逐漸升高至50米，全島最高處位於東部的燕墩山(53公尺)，島嶼西側最高處則為花嶼燈塔，南、北部地勢平緩，聚落分布於南部緩坡與凹地上。

島嶼四周多為陡峭海崖，其間有海蝕溝，海蝕洞等海蝕地形，岩石濱台僅零星分布於柴按仔、石人海岸，寬度狹窄；全島並無沙灘，但在花嶼的東、北、西三側的海灣中，則可見到由安山岩質的火山岩礫石所形成的礫灘。

地質上，花嶼是由中性安山岩質至酸性流紋岩質的火成岩所組成的島嶼，其火山活動時間大約是在95-55百萬年前間，相當於晚白堊紀後期，從岩礦組織及蝕變現象推論，花嶼的火成岩與福建省沿海一帶，屬於同一岩漿活動之產物。

本島岩相複雜，分布最廣的岩性為斑狀安山岩，交雜多樣性岩脈與擄獲岩，岩體無層次、破碎且雜亂，風化程度高，其地質景觀迥異於其他以玄武岩柱狀節理聞名的澎湖群島。

花嶼形成年代久遠，相對接受地表風化的程度亦高，加上島上岩相複雜，因此造成可觀察到各種風化現象，如球狀風化、風化紋、蜂窩岩等，其地形景觀相當特殊，罕見。