五孔洞為一系列的海蝕洞，岩壁上珊瑚化石清晰可見，並可觀察到線形岩脈式具水平至微傾斜之柱狀節理。 五孔洞為角礫岩或凝灰質角礫岩所構成，凝灰質角礫岩之塊礫為黑色不規則狀玄武岩或玄武岩質輝石安山岩，其粒徑大小由數公分至數公尺不等，普遍有不規則之氣孔，氣孔多類似火山渣或為基性浮石之狀，氣孔常為霰石充填，少數礫塊為綠色角礫狀之蛇紋岩，其基質為火山灰、沙、礫等，或粗細顯著分明之層狀，或大小相雜而無層理。火山角礫岩層節理發育，順著裂隙，經海浪衝擊而形成一系列海蝕洞，後由於海水面下降陸地上升而露出水面，多個海蝕洞而名為五孔洞。洞口外角礫岩所構成之崖壁有一侵入之基性岩脈，為粗玄岩，其所形成之柱狀節理垂直於該脈之兩側界面。

五孔洞位於蘭嶼西北部朗島部落西側，是後冰期距今約6,000年前最高海準時期所生的海蝕洞群，大小5個洞左右鄰列，五孔洞因以得名，洞口高10至16公尺，寬10至27公尺，洞深達30至40公尺。5個洞口緊鄰形成，洞與洞之間部分可以互通。